Krušnohorská lokalita je chráněna příslušnými zákony České republiky, v souvislosti s udělením statutu mezinárodního významu se na ni nevztahují žádná další omezení. Krušnohorská rašeliniště jsou unikátním komplexem hřebenových, rozvodnicových a svahových rašelinišť vzniklých na suťových vývěrech podzemní vody.

Jednotlivé lokality jsou také zařazeny do seznamu evropsky významných lokalit. Některé z rašelinišť mají ochranný statut národní přírodní rezervace, národní přírodní památky nebo přírodní památky.

Důležitou součástí ochrany Krušnohorských rašelinišť je i nastavení vhodného lesnického hospodaření v celé oblasti s cílem zachování rašelinných biotopů a v navazujícím území zalesnění původními odolnými dřevinami. Město Boží Dar tu navíc plánuje i naučnou stezku.